Trong suốt nhiều năm, đã có những tranh cãi liên quan đến mod với Minecraft. Một trong số đó xoay quanh một mod tên là GregTech, nhằm mục đích tăng độ khó của Minecraft.[29] Vào năm 2013, nhà phát triển của nó, sau khi nhận thấy rằng một số công thức mà GregTech thêm vào đã bị ghi đè bởi một mod khác có tên làTinkers 'Construct, đã cố tình chèn mã vào GregTech để khiến trò chơi gặp sự cố nếu phát hiện ra bất kỳ mod nào khác (chẳng hạn như Tinkers' Construct). Tác giả của cả hai mod sau đó đã giải quyết tranh chấp của họ.[30][31]

Một tranh cãi khác xoay quanh mod Bukkit, một API cho phép những người khác cài đặt các bản mod phía máy chủ.[32] Vào năm 2014, trưởng nhóm Bukkit Warren "EvilSeph" Loo (người trước đây đã làm việc cho Mojang) thông báo rằng việc phát triển sẽ bị ngừng lại và Mojang đã bước vào để cứu dự án.[33] Với thông báo của Mojang, quyền sở hữu trí tuệ đối với dự án trở nên mơ hồ.[17] Xung đột cấp phép nảy sinh giữa những người tạo ban đầu của Bukkit và những người bảo trì, chủ yếu xoay quanh việc ai "sở hữu" dự án sau khi những người bảo trì chính từ chức. Một người đóng góp chính đã cố gắng rút quyền sử dụng mã của họ trong trò chơi, buộc Bukkit rơi vào trạng thái hư hỏng một thời gian.[34][17][33]

Một cuộc tranh cãi khác xảy ra vào tháng 3 năm 2017, khi công ty mạng ESET của Slovakia tiết lộ rằng 87 ví dụ về phần mềm độc hại trojan horses đã được phân phối thông qua Cửa hàng Google Play dưới vỏ bọc của các bản mod Minecraft. Mục đích của họ là hiển thị quá nhiều quảng cáo hoặc lừa người chơi tải xuống các ứng dụng khác. Kết hợp lại, những bản mod giả này đã được tải xuống hớn một triệu lần trong ba tháng đầu năm 2017.[35][36]